查找生物序列-Motif

查找与查询序列匹配的生物序列，可直接输入蛋白/核苷酸序列进行检索。

1. 输入或复制粘贴蛋白质/核苷酸序列。见 Motif Patterns。
2. 根据被输入的序列类型选择Sequence Type 。
3. 勾选Include NCBI Sequences 的复选框，在检索结果中包含NCBI数据库中的序列。
4. 通过total sequence result limit 限定检索结果数量，结果数量的选择范围为10-20000（默认数量为100）。
5. 通过Advanced Biosequence Search,更改 Query Coverage %和E-Value设置，同时可勾选Combine Motif Results 将所有变量查询式的检索结果进行合并。
6. 点击Start Biosequence Search 开始序列检索。

然后返回主页面，查看每个检索的完成状态或点击 View Results 查看结果。

重要提示：生物序列检索结果在首次生成之日起 30 天后到期。

Motif 简并码和正则表达式语法规则

氨基酸简并码

为氨基酸创建正向评分错配（例如，带有 B 的序列检索将保留 B，B 将对命中目标序列中的 D 或 N 产生正向评分）。

Degenerate Code	Logical Meaning
X	Any amino acid
B	D or N
Z	E or Q
J	I or L

 

核苷酸简并码

查询多个核苷酸，其中简并密码由其代表的核苷酸替换。

Degenerate Code	Logical Meaning
N	A or C or G or T
R	A or G
Y	C or T
M	A or C
K	G or T
S	C or G
W	A or T
H	A or C or T
B	C or G or T
V	A or C or G
D	A or G or T

正则表达式语法规则

Degenerate Code	Logical Meaning
.	Translated to X for protein Enumerates to A, G, C, and T for nucleotide (generates four search terms)
{m,n}	At least m and maximum n residues length
{n}	Exactly n length
[XYZ]	Any nucleotide or amino acid listed within the square brackets
^XYZ$	Search for the exact sequence XYZ