使用结构来检索反应，您可以将绘制的结构指定为反应物、试剂或产物，并且可以选择进行精确结构或亚结构检索。与用结构检索物质时一样，可应用亚结构查询功能扩大或缩小反应查询结构的定义。
其它针对反应转化的查询结构功能：
指定反应角色
您可以通过绘制反应箭头来设指定结构的反应角色。箭头左边的结构被指定为反应物，右边的结构被指定为反应产物。
在 ChemDoodle 中，使用工具。在 CAS Draw 中，使用
工具。点击绘图区域来放置箭头。
您也可以将每个绘制的结构的反应角色定义为反应产物、反应物、试剂、反应物/试剂，或任何角色。例如：
在 ChemDoodle 中，使用工具。在 CAS Draw 中，使用
工具。单击结构，然后从菜单中选择角色。
标记反应位点
标记反应中发生变化（断裂、生成或键级改变）的键。这些键会被双线标记。
在 ChemDoodle 中使用工具。在 CAS Draw 中使用
工具。单击化学键将其标记为反应位点。
标记原子
指定反应物和反应产物中的相应原子对。
注：提交具有标记原子的反应结构查询时，结果将包括具有该标记原子的多步骤反应。
在 ChemDoodle 中使用工具。在 CAS Draw 中使用
工具。点击反应物中的原子，然后点击反应产物中的相应原子。标记编号即出现在互相对应的原子对上。