亚结构检索可以获取到以输入结构式为其结构片段的物质。除非特别定义，否则在所获得的检索结果中，必须包含被输入的结构式且任何开放的原子位点都允许出现取代。
可应用亚结构查询功能扩大或缩小查询结构定义：
• 可变原子（可变基团）代表一类取代，如卤素
• R 基团指定某一位点一系列可能的取代
• 不确定键型表示任何键型
• 重复基团允许环或链的大小发生变化
• 可变取代位点某个环上的取代位点可变
• 原子锁定不允许被锁的原子有非氢取代
• 环锁定被锁的环不能成为其他稠环/桥环的一部分或被锁的键不能形成新环
可变原子（可变基团）
可以应用以下原子（基团）类型：
• X =任意卤素原子
• M =任意金属原子
• A =除H以外的任何原子
• Q =除C或H以外的任何原子
• Ak =任意碳链
• Cy =任意环
• Cb =任意碳环
• Hy =任意杂环
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（与
处于相同工具栏）。在 CAS Draw 中，使用
绘制。
R 基团
R 基团包括原子、可变原子或常用基团（官能团）。
在 ChemDoodle 中，使用 （与
和
处于相同工具栏）。在 CAS Draw 中，使用
绘制。
不确定键型
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工具。
重复基团
-
重复基团可以包括原子、常用基团或可变基团。
-
重复数字可以是一个单一值或一个范围（0-20）。
-
重复基团外，与重复基团相邻的原子上必须有2个确定的键。
-
被重复的键不能与Ak直接相连。
-
重复基团中不能包含括立体键。
-
相邻的2个重复基团可以通过一个键连接
在 ChemDoodle 中使用 工具。
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可变取代位点
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原子锁定
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环锁定
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工具。